Typing of Plum pox virus isolates in the central Ukraine [] / A. Kyrychenko [et al.] // Мікробіологічний журнал. - 2017. - Том 79, N 3. - С. 115-124 MeSH-главная: ОСПЫ СЛИВЫ ВИРУС -- PLUM POX VIRUS (генетика) РАСТЕНИЙ ЛИСТЬЯ -- PLANT LEAVES (генетика, микробиология) РОЗОЦВЕТНЫХ СЕМЕЙСТВО -- ROSACEAE (микробиология) РАСТЕНИЙ ВИРУСЫ -- PLANT VIRUSES (генетика) ГЕНЫ РАСТЕНИЙ -- GENES, PLANT (генетика) МОЗАИКИ ВИРУСЫ -- MOSAIC VIRUSES (генетика) ДНК -- DNA (генетика, диагностическое применение) ГЕНЕТИКА МИКРОБИОЛОГИЧЕСКАЯ -- GENETICS, MICROBIAL (методы) Аннотация: Мета. Навесні 2016 р. в трьох регіонах Центральної України — Черкасах, Києві та Яготині, нами виявлені фруктові дерева сливи та груші з симптомами ураження, характерними для карантинного патогена — вірусу шарки сливи (Plum pox virus, PPV), а також дерева вишні з симптомами ураження вірусом мозаїки яблуні (Apple mosaic virus, ApMV), патогенним для більше, ніж 65 видів рослин родини Розоцвітих. Мета цієї роботи — провести діагностику, ідентифікацію та молекулярний аналіз вірусів, що викликають виявлені нами симптоми ураження фруктових дерев в центральній частині України. Методи. Тотальну РНК, екстраговану з листків інфікованих і здорових рослин, використовували для отримання кДНК за допомогою відомих ПЛР праймерів, а також власних праймерів, розроблених за програмою «РrimerЗ». Ампліфіковані фрагменти ДНК гена Ср українських ізолятів вірусу секвенували методом Sanger і порівнювали з аналогічними сиквенсами з генетичної бази GeneBank. Для порівняльного та молекулярного аналізу ізолятів вірусів використовували комп’ютерні програми BLAST, MultAline та MEGA 6, а також низку власних коротких програм (утиліт), вузько спеціалізованих для конкретних задач аналізу сиквенсів. Результати. Праймери, розроблені для типування PPV, виявились ефективними для виявлення і молекулярної діагностики цього вірусу в трьох регіонах Центральної України. За допомогою цих праймерів три ізоляти PPV-D (seq1, seq2, seq3) були виділені з груш у Черкасах (seq1), а також із слив в Яготині (seq2) та Києві (seq3). За порівнянням сиквенсів 181-нуклеотидних фрагментів гена Ср ізоляти seq2 і seq3 виявились ідентичними між собою і близько спорідненими й з ізолятом seq1. Виділені українські ізоляти мають високу ідентичність (95 - 99,4%) з усіма 33-ма ізолятами PPV-D з різних країн світу і різних рослин-хазяїв, протестованими нами. 181-нуклеотидні сиквенси 33-х ізолятів містять 30 замін нуклеотидів відносно сиквенсу seq1. Переважна більшість замін (27 з 30) є синонімічними і не викликають заміщень амінокислот у вірусних білках. Ізоляти PPV-D утворюють 6 груп представників з однаковими замінами нуклеотидів, що нагадує гомологічні серії спадкової мінливості морфологічних ознак, відкриті Н.І. Вавиловим. Висновки. Праймери, розроблені нами, виявились ефективними для детекції ізолятів PPV-D з рослин груш і слив у трьох регіонах Центральної України. Наявність PPV в Черкаській області вперше виявлено нами. Отримані дані є важливими для розуміння епідеміологічної ролі цього вірусу. Виявлені нами групи ізолятів PPV з однаковими замінами нуклеотидів нагадують серії однакових морфологічних ознак, відкриті Н.І. Вавиловим, і являють інтерес для з’ясування молекулярних основ детермінації гомологічних серій спадкової мінливості та паралельних мутацій. Доп.точки доступа: Kyrychenko, A.; Shcherbatenko, І.; Antipov, І.; Hrynchuk, K. Экз-ры: