Форма документа : Стаття із журналу Шифр видання : Автор(и) : Кириченко A. M., Щербатенко I. C. Назва : Консервативні нуклеотидні мотиви в промоторах геномних РНК тобамовірусів Місце публікування : Мікробіологічний журнал. - К., 2019. - Том 81, N 3. - С. 53-67 (Шифр МУ14/2019/81/3) MeSH-головна: NEPOVIRUS -- NEPOVIRUS ПРОМОТОРНЫЕ УЧАСТКИ ГЕНОВ -- PROMOTER REGIONS, GENETIC ТРАНСКРИПЦИЯ ГЕНЕТИЧЕСКАЯ -- TRANSCRIPTION, GENETIC НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ РЕГУЛЯТОРНЫЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ -- REGULATORY SEQUENCES, NUCLEIC ACID РНК -- RNA Анотація: Мета. Реплікація тобамовірусів, як і інших вірусів рослин, що мають одноланцюгову смислову геномну РНК, включає синтез позитивних і негативних ланцюгів геномних РНК, а також транскрипцію двох субгеномних РНК. Первинні нуклеотидні послідовності та вторинні структурні елементи, необхідні для ініціації транскрипції субгеномних РНК, були охарактеризовані у багатьох видів вірусів, однак компоненти промоторів синтезу геномних вірусних РНК все ще залишаються майже недослідженими. Зважаючи на фрагментарність експериментальних даних і суперечливість уявлень щодо ініціації синтезу геномних вірусних РНК, метою нашої роботи було проведення порівняльного комп’ютерного аналізу консервативних копонентів у геномних промоторах тобамовірусів. Методи. Геномні сиквенси 17-ти штамів ВТМ та 21 штаму 18-ти інших видів тобамовірусів були завантажені з ГенБанку (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Пошук і порівняльний аналіз консервативних компонентів промоторів проводили за консенсусною послідовністю ділянки ICR2 промотору генів tRNA та одноланцюговою розгорткою стеблової петлі D1L3S3 штаму ВТМ-L, використовуючи власні вузькоспеціалізовані комп’ютерні програми. Результати. Встановлено, що 3’-кінцеві ділянки геномних РНК 38-ми досліджених штамів тобамовірусів містять висококонсервативні нуклеотидні мотиви, подібні ICR2 та D1L3S3. У промоторах реплікації геномних (–) РНК ці мотиви локалізовані перед і поблизу стартових точок синтезу (–)ланцюгів, містять загальну паліндромну консенсусну послідовність – TTCGAA, оточену 2–4 парами комплементарних нуклеотидів і мають лише компенсаторні нуклеотидні заміни, за яких зберігається вторинна структура консервативних мотивів. Поблизу стартових точок синтезу (+)ланцюгів РНК, локалізованих на 3’-кінцях (–)ланцюгів, нуклеотидні ділянки, подібні ICR2 чи D1L3S3, а також інші консервативні мотиви зовсім не виявляються. За результатами аналізу можливих причин цього явища нами запропоновано гіпотетичні моделі ініціації синтезу геномних і субгеномних РНК тобамовірусів з використанням дволанцюгових і циркулярних матриць. Висновки. Запропоновані гіпотетичні моделі добре узгоджуються з отриманими результатами і даними літератури, зокрема: 1) наявність подібних консервативних мотивів і вторинних структур у різних типах промоторів – субгеномних, геномних, вірусних, еукаріотичних; 2) здатність вірусних РНК-полімераз до використання дволанцюгових і циркулярних матриць; 3) можливість ініціації синтезу протилежних ланцюгів РНК одним паліндромним сигнальним мотивом; 4) локалізація AT-багатих нуклеотидних ділянок після стартових точок транскрипції та реплікації РНК, а GC-багатих ділянок – перед ними; 5) підвищення реплікації вірусів за зв’язування 5’- і 3’-кінців геномних РНК Дод.точки доступу: Щербатенко, I. C.