Characteristics of genome of Bacillus velezensis ONU 553 strain isolated from the bottom sediments of the Black Sea [Text] / M. D. Shtenikov [et al.] // Мікробіологічний журнал. - 2020. - Том 82, N 3. - P14-21
MeSH-главная:
БАЦИЛЛЫ -- BACILLUS (генетика)
АНТИБАКТЕРИАЛЬНЫЕ СРЕДСТВА -- ANTI-BACTERIAL AGENTS (биосинтез)
ПОВЕРХНОСТНО-АКТИВНЫЕ ВЕЩЕСТВА -- SURFACE-ACTIVE AGENTS (химический синтез)
БАКТЕРИОЦИНЫ -- BACTERIOCINS (биосинтез)
Аннотация: Пошук продуцентів біологічно активних метаболітів зміщується в напрямку дослідження штамів з екзотичних біотопів. Аеробні спороутворюючі бактерії з донних відкладень Чорного моря є добрим прикладом таких мікроорганізмів завдяки легкості селективного виділення, підтримання в культурі та високій біосинтетичній активності. Мета. Проаналізувати структуру генома антагоністично активного штаму Bacillus sp. ONU 553, ізольованого з донних осадів Чорного моря, для його реідентифікації та виявлення генів, що відповідають за синтез біологічно активних сполук. Методи. Отриману геномну ДНК було секвеновано з використанням секвенатору НiSeq 1500 (Illumina). Збірку геному здійснено з використанням асемблеру Newbler версії 2.8, визначення видової належності штаму – за допомогою сервера TYGS, підрахунок ANI – з використанням Ezbiocloud. Анотування геному здійснено за допомогою серверів PATRIC та NCBI PGAP, пошук кластерів біосинтезу антибіотиків та бактеріоцинів – за допомогою antiSMASH та Bagel4 відповідно. Пошук детермінант патогенності виконувався за допомогою IslandViewer, резистентності до антибіотиків – ResFinder-3.2, пошук профагових елементів – з використанням PHASTER. Результати. Встановлено, що розмір дослідженого геному сягає 3 934 563 пар основ, вміст ГЦ-пар складає 46,69%. Виявлено 3 953 відкриті рамки зчитування, з них ідентифіковано 3 252 (82%). Виявлено детермінанти шести антибіотиків і двох бактеріоцинів, а також чотири профаг-подібних елементи. Висновки. Проведені дослідження та порівняльний аналіз геному штаму Bacillus sp. ONU 553, ізольованого з донних осадів Чорного моря, дають підстави підтвердити його ідентифікацію до виду Bacillus velezensis та роблять перспективним його подальше дослідження як потенційного пробіотика та джерела нових біологічно активних метаболітів.
Доп.точки доступа:
Shtenikov, M. D.; Ostapchuk, A. M.; Vasylieva, N. Y.; Luzhetskyy, A. M.; Ruckert, C.; Kalinowski, J.; Ivanytsia, V. O.
Экз-ры:
|