Захисний вплив тіакалікс|4|арен-тетрасульфонату на інгібування АТР-гідролазної активності субфрагмента-1 міозину міометрія катіонами важких металів [] / Р. Д. Лабинцева [та ін.]> // Укр. біохім. журн. - 2014. - Том 86, N 6. - С. 154-166 Рубрики: МИОМЕТРИЙ МЕТАЛЛЫ ТЯЖЕЛЫЕ МИОЗИНЫ МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТЫКОВКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ Аннотация: Важкі метали негативно впливають на скоротливі властивості гладенького м’яза матки, що часто стає причиною різноманітних патологій репродуктивної системи у жінок. У зв’язку з цим виникає потреба в розробленні ефективних методів корекції порушень скоротливої активності міометрія. Гідроліз ATP, каталізований міозиновою АТРазою, є одним із найважливіших елементів молекулярного механізму скорочення міометрія. Нами встановлена інгібувальна дія 0,03–0,3 мМ Ni2+, Pb2+ та Cd2+ на ензиматичний гідроліз АТР, що здійснюється за участю субфрагмента-1 міозину, одержаного із гладенького м’яза матки свині. Тіакалікс[4]арен-тетрасульфонат (С-798) у концентрації 100 мкМ відновлює до контрольного рівня АТРазну активність субфрагмента-1 міозину у присутності катіонів важких металів. Найвірогідніше із припущень щодо механізму корегувальної дії С-798 ґрунтується на здатності цієї сполуки хелатувати важкі метали, а саме вилучати катіони Pb, Cd та Ni із середовища інкубації. Методом комп’ютерного моделювання було продемонстровано, що захисний вплив С-798 може бути також наслідком послаблення взаємодії катіонів важких металів з амінокислотними залишками молекули міозину поблизу активного центру АТР-гідролази. Таким чином, отримані результати можуть бути використані в подальших дослідженнях, спрямованих на оцінку перспективності тіакалікс[4]арен-тетрасульфонату як фармакологічної сполуки. Доп.точки доступа: Лабинцева, Р. Д.; Бевза, О. В.; Бевза, А. А.; Люлько, А. О.; Харченко, С. Г.; Кальченко, В. І.; Костерін, С. О. Экз-ры: |
Synthesis, biological evaluation and docking of novel bisamidinohydrazones as non-peptide inhibitors of furin [Text] / V. K. Kibirev [et al.]> // Укр. біохім. журн. - 2015. - Том 87, N 1. - P55-63 Рубрики: ФУРИН МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТЫКОВКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ Доп.точки доступа: Kibirev, V. K.; Osadchuk, T. V.; Kozachenko, O. P.; Kholodovych, V.; Fedoryak, O. D.; Brovarets, V. S. Экз-ры: |
Застосування методів молекулярного моделювання для пошуку нових біологічно активних речовин [] / В. В. Гурмач [та ін.]> // Укр. біохім. журн. - 2015. - Том 87, N 1. - С. 109-120 Рубрики: SH2 ДОМЕН-СОДЕРЖАЩИЕ ПРОТЕИН-ТИРОЗИНФОСФАТАЗЫ МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТЫКОВКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ Доп.точки доступа: Гурмач, В. В.; Балинський, О. М.; Платонов, М. О.; Бойко, О. М.; Прилуцький, Ю. І. Экз-ры: |
Rayevsky, A. V. Molecular docking and molecular dynamics simulation studies on Thermus thermophilus leucyl-tRNA synthetase complexed with different amino acids and pre-transfer editing substrates / A. V. Rayevsky, M. A. Tukalo> // Biopolymers & Cell. - 2016. - Том 32, N 1. - С. 61-69 : цв. ил. - 24 ref. MeSH-главная: АМИНОКИСЛОТЫ -- AMINO ACIDS ЛЕЙЦИН-ТРНК-ЛИГАЗА -- LEUCINE-TRNA LIGASE (генетика) РНК РЕДАКТИРОВАНИЕ -- RNA EDITING МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТЫКОВКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ -- MOLECULAR DOCKING SIMULATION Доп.точки доступа: Tukalo, M.A. Экз-ры: |
The use of the Petri net method in the simulation modeling of mitochondrial swelling [Text] = Використання методології мереж Петрі для імітаційного моделювання набухання мітохондрій / Yu. V. Danylovych [et al.]> // Український біохімічний журнал. - 2016. - Т. 88, № 4. - P66-74. - Bibliogr. at the end of the art. MeSH-главная: СПЕКТРОФОТОМЕТРИЯ -- SPECTROPHOTOMETRY (методы) МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТЫКОВКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ -- MOLECULAR DOCKING SIMULATION (использование, методы, тенденции) МИТОХОНДРИЙ НАБУХАНИЕ -- MITOCHONDRIAL SWELLING (иммунология, физиология) МОДЕЛИ БИОЛОГИЧЕСКИЕ -- MODELS, BIOLOGICAL БИОМЕДИЦИНСКИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ -- BIOMEDICAL RESEARCH (тенденции) Аннотация: Using photon correlation spectroscopy, which allows investigating changes in the hydrodynamic diameter of the particles in suspension, it was shown that ultrahigh concentrations of Ca[[p]]2+[[/p]] (over 10 mM) induce swelling of isolated mitochondria. An increase in hydrodynamic diameter was caused by an increase of nonspecific mitochondrial membrane permeability to Ca ions, matrix Ca[[p]]2+[[/p]] overload, activation of ATP- and Ca[[p]]2+[[/p]]-sensitive K[[p]]+[[/p]]-channels, as well as activation of cyclosporine-sensitive permeability transition pore. To formalize the experimental data and to assess conformity of experimental results with theoretical predictions we developed a simulation model using the hybrid functional Petri net method Доп.точки доступа: Danylovych, Yu. V.; Chunikhin, A. Y.; Danylovych, G. V.; Kolomiets, O. V. Экз-ры: |
Hit identification of CK2 inhibitors by methods of virtual screening / M. V. Protopopov [et al.]> // Biopolymers & Cell. - 2017. - Том 33, N 4. - P291-301 MeSH-главная: ПРОТЕИНКИНАЗЫ -- PROTEIN KINASES МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТЫКОВКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ -- MOLECULAR DOCKING SIMULATION ЛЕКАРСТВА СОЗДАНИЕ -- DRUG DESIGN КЛИНИЧЕСКИЕ БИОХИМИЧЕСКИЕ ТЕСТЫ -- CLINICAL CHEMISTRY TESTS Доп.точки доступа: Protopopov, M. V.; Starosyla, S. A.; Borovykov, O. V.; Sapelkin, V. N.; Bilokin, Y. V.; Bdzhola, V. G.; Yarmoluk, S. M. Экз-ры: |
Synthesis and biological evaluation of novel amino-substituted derivatives of pyrido[2,3-d]pyrimidine as inhibitors of protein kinase CK2 / A. N. Zinchenko [et al.]> // Biopolymers & Cell. - 2017. - Том 33, N 5. - P367-378 MeSH-главная: ПИРИМИДИНЫ -- PYRIMIDINES (биосинтез, химический синтез) ПРОТЕИНКИНАЗЫ -- PROTEIN KINASES АНАЛИТИЧЕСКИХ ПРОБ МЕТОДЫ ПОДГОТОВКИ -- ANALYTIC SAMPLE PREPARATION METHODS МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТЫКОВКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ -- MOLECULAR DOCKING SIMULATION Доп.точки доступа: Zinchenko, A. N.; Muzychka, L. V.; Smolii, O. B.; Bdzhola, V. G.; Protopopov, M. V.; Yarmoluk, S. M. Экз-ры: |
Theoretical study of the possibility of glycin with thiotriazoline complexes formation [] = Теоретичне дослідження можливості утворення комплексів гліцину з тіотриазоліном / L. I. Kucherenko [et al.]> // Запорож. мед. журн. - 2017. - Том 19, N 5. - С. 675-679 MeSH-главная: ГЛИЦИН -- GLYCINE (химия) ТРИАЗОЛЫ -- TRIAZOLES (химия) МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТЫКОВКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ -- MOLECULAR DOCKING SIMULATION (использование) Доп.точки доступа: Kucherenko, L. I.; Khromyleva, O. V.; Mazur, I. A.; Shishkina, S. V. Экз-ры: |
Salmanian Tabasi, N. Designing, docking and heterologous expression of an anti-her2 affibody molecule / N. Salmanian Tabasi, A. Gholizadeh, B. Baghban Kohnehrouz> // Укр. біохім. журнал. - 2018. - Том 90, N 1. - P68-76 MeSH-главная: НОВООБРАЗОВАНИЯ -- NEOPLASMS (генетика, диагностика, иммунология, терапия, химия) МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТЫКОВКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ -- MOLECULAR DOCKING SIMULATION ЭПИДЕРМАЛЬНЫЙ ФАКТОР РОСТА -- EPIDERMAL GROWTH FACTOR БЕЛКИ -- PROTEINS (химический синтез) Доп.точки доступа: Gholizadeh, A.; Baghban Kohnehrouz, B. Экз-ры: |
Targeted search of hypoglycemic agents among N-substituted isoindoline-1,3-diones and its analogues [] / Yu. V. Martynenko [et al.]> // Актуал. питання фармац. і мед. науки та практики. - 2018. - Том 11, N 1. - С. 4-11 MeSH-главная: ГИПОГЛИКЕМИЧЕСКИЕ СРЕДСТВА -- HYPOGLYCEMIC AGENTS (метаболизм, терапевтическое применение, фармакокинетика, химический синтез) МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТЫКОВКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ -- MOLECULAR DOCKING SIMULATION (использование) МАГНИТНО-РЕЗОНАНСНАЯ СПЕКТРОСКОПИЯ -- MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY КАРБОНОВЫЕ КИСЛОТЫ -- CARBOXYLIC ACIDS (терапевтическое применение, фармакокинетика, химический синтез) Доп.точки доступа: Martynenko, Yu. V.; Kazunin, M. S.; Antypenko, O. M.; Selivanova, Ye. A.; Kovalenko, S. I.; Trzhetsynskyi, S. D. Экз-ры: |
Synthesis and the activity assessment of adamantylcontaining thiazolium inhibitors of butyrylcholinesterase [] / A. D. Ocheretniuk [et al.]> // Журн. орган. та фармац. хімії. - 2017. - Том 15, № 4. - С. 48-55 MeSH-главная: БУТИРИЛХОЛИНЭСТЕРАЗА -- BUTYRYLCHOLINESTERASE (химический синтез) ХОЛИНЭСТЕРАЗЫ ИНГИБИТОРЫ -- CHOLINESTERASE INHIBITORS (химический синтез) МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТЫКОВКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ -- MOLECULAR DOCKING SIMULATION (использование, методы) АДАМАНТАН -- ADAMANTANE (химический синтез) Доп.точки доступа: Ocheretniuk, A. D. ; Kobzar, O. L. ; Kozachenko, О. Р.; Brovarets, V. S.; Vovk, A. I. Экз-ры: |
Молекулярний дизайн біологічно активних похідних N-фенілантранілової кислоти за моделлю de nova [] / О. М. Свєчнікова [та ін.]> // Журн. орган. та фармац. хімії. - 2018. - Том 16, № 1. - С. 49-53 MeSH-главная: (химический синтез) ПРОТИВОВОСПАЛИТЕЛЬНЫЕ СРЕДСТВА НЕСТЕРОИДНЫЕ -- ANTI-INFLAMMATORY AGENTS, NON-STEROIDAL (химия) ТИОСЕМИКАРБАЗОНЫ -- THIOSEMICARBAZONES (химия) МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТЫКОВКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ -- MOLECULAR DOCKING SIMULATION (использование, методы) Доп.точки доступа: Свєчнікова, О. М.; Колісник, С. В.; Винник, О. Ф.; Костіна, Т. А.; Жукова, Т. В. Экз-ры: |
Theoretical study of the possibility of L-tryptophan with thiotriazoline complex formation [] / L. I. Kucherenko [et al.]> // Запорож. мед. журн. - 2018. - Том 20, N 1. - С. 110-115 MeSH-главная: ТРИПТОФАН -- TRYPTOPHAN (терапевтическое применение, фармакокинетика) МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТЫКОВКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ -- MOLECULAR DOCKING SIMULATION (использование) МОРФОЛИНЫ -- MORPHOLINES (химический синтез) Доп.точки доступа: Kucherenko, L. I.; Mazur, I. A.; Borsuk, S. A.; Khromylova, O. V.; Shishkina, S. V. Экз-ры: |
Напівемпіричний аналіз взаємодії алкоксипохідних 1,4-бенздіазепіну з ГАМКа-рецептором на підставі даних молекулярного докінгу та фармакологічного ефекту [] = Semiempirical analysis of 1,4-benzodiazepine alcoxy derivatives interactions with GABAa-receptor on the base of molecular docking data and pharmacological effect / М. Я. Головенко [и др.]> // Медична та клінічна хімія. - 2017. - Том 19, N 4. - С. 23-31 Рубрики: Бенздиазепин MeSH-главная: МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТЫКОВКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ -- MOLECULAR DOCKING SIMULATION ПРОТИВОСУДОРОЖНЫЕ СРЕДСТВА -- ANTICONVULSANTS Доп.точки доступа: Головенко, М. Я.; Павловський, В. І.; Валіводзь, І. П.; Ларіонов, В. Б. Экз-ры: |
Larionov, V. B. Propoxazepam conformation and its orientation in the GABA[[d]]А[[/d]]-receptor binding site [] / V. B. Larionov, M. Ya. Golovenko, A. S. Reder> // Укр. біофармац. журнал. - 2018. - № 1. - С. 10-17 MeSH-главная: МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТЫКОВКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ -- MOLECULAR DOCKING SIMULATION (методы) БЕНЗОДИАЗЕПИНЫ -- BENZODIAZEPINES (химия) РЕЦЕПТОРЫ ГАМК -- RECEPTORS, GABA (химия) МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТЫКОВКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ -- MOLECULAR DOCKING SIMULATION (методы) РЕНТГЕНОВСКИХ ЛУЧЕЙ ДИФРАКЦИЯ -- X-RAY DIFFRACTION (использование, методы) Доп.точки доступа: Golovenko, M. Ya.; Reder, A. S. Экз-ры: |
Ларіонов, В. Б. Молекулярний докінг бензіазепінів - алостеричних модуляторів ГАМК-рецептора [] / В. Б. Ларіонов, М. Я. Головенко> // Фармакологія та лікарська токсикологія. - 2017. - № 4/5. - С. 38-49. - Бібліогр. в кінці ст. MeSH-главная: МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТЫКОВКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ -- MOLECULAR DOCKING SIMULATION (использование) ПСИХОТРОПНЫЕ СРЕДСТВА -- PSYCHOTROPIC DRUGS (прием и дозировка) Аннотация: Мета дослідження – оцінка рецепторно-лігандної взаємодії низки похідних 1,4-бенздіазепіну різного спектра фармакологічної дії на підставі даних молекулярного докінгу. Розрахунок параметрів молекулярного докінгу з рецептором (GABA(A)R-beta3 гомопентамер, 4COF) було здійснено з використанням програми iGEMDOCK v2.1. Аналіз порожнин та взаємне положення амінокислотних залишків в активних центрах здійснювали на базі програми Mole 2.13.9.6. Встановлено, що внесок водневого зв’язку у формування комплексу ліганд-рецептор для використаних похідних 1,4-бенздіазепіну знаходиться в межах від ~2 до ~30 % від величини загальної енергії зв’язку. З 19 похідних 1,4-бенздіазепіну для 14 представників визначено спільне місце зв’язування. Аналіз розташування залишків амінокислот на рецепторі показав, що вони формують два підцентри, що віддалені один від одного: у першому – переважно активні залишки аспарагінової кислоти (Asp-43), глутаміну (Gln-64) й треоніну (Thr-176), у другому – активними є більша кількість більш полярних амінокислотних залишків (ізолейцин Ile-47, аспарагін Asn-54, лізин Lys-102, аланін Ala-135, серин Ser-46, гліцин Glu-182), а також сірковмісні амінокислотні залишки (цистеїн Cys-136 та метіонін Met-137). За величиною площі полярної поверхні визначається розділення сполук на дві групи, що, ймовірно, пов’язане з існуванням двох підцентрів, виявлених за аналізом параметрів докінгу сполук цієї групи. Доп.точки доступа: Головенко, М.Я. Экз-ры: |
Redkin, R. G. The synthesis of spiro[indole-3,1’-pyrrolo[3,4-c]pyrrole]-2,4’,6’-trione derivatives, the study of their antimicrobial activity and the molecular docking on staphylococcal dehydrosqualene synthase [] / R. G. Redkin, K. V. Hlebova> // Вісн. фармації. - 2018. - № 2. - С. 24-35 MeSH-главная: (химический синтез) ПИРРОЛЫ -- PYRROLES (химический синтез) МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТЫКОВКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ -- MOLECULAR DOCKING SIMULATION (использование, методы) АНТИБАКТЕРИАЛЬНЫЕ СРЕДСТВА -- ANTI-BACTERIAL AGENTS (химический синтез) СТРУКТУРА-АКТИВНОСТЬ, ВЗАИМОСВЯЗЬ -- STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP ИНДОЛЫ -- INDOLES (химический синтез) Доп.точки доступа: Hlebova, K. V. Экз-ры: |
Молекулярний докінг і оцінка тіакалікс[4]арену та сульфонілкалікс[4]арену як платформи для конструювання інгібіторів глутатіон-S-трансферази [] / Ю. В. Шульга [та ін.]> // Журн. орган. та фармац. хімії. - 2018. - Том 16, № 2. - С. 42-48 MeSH-главная: ФЕРМЕНТОВ ИНГИБИТОРЫ -- ENZYME INHIBITORS (фармакология, химия) МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТЫКОВКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ -- MOLECULAR DOCKING SIMULATION (использование, методы) КАЛИКСАРЕНЫ -- CALIXARENES (химия) ГЛУТАТИОНТРАНСФЕРАЗА -- GLUTATHIONE TRANSFERASE (фармакология, химия) Доп.точки доступа: Шульга, Ю. В.; Кобзар, О. Л.; Міщенко, І. М.; Танчук, В. Ю.; Суховєєв, В. В.; Кальченко, В. І.; Вовк, А. І. Экз-ры: |
Rayevsky, A. V. Computational approaches for parameterization of aminoacyl-tRNA synthetase substrates [Text] / A. V. Rayevsky, M. A. Tukalo> // Biopolymers & Cell. - 2018. - Том 34, N 3. - P239-247 MeSH-главная: МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ -- MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION МОЛЕКУЛЯРНОЙ СТЫКОВКИ МОДЕЛИРОВАНИЕ -- MOLECULAR DOCKING SIMULATION БИОЛОГИЧЕСКИЕ ПРОЦЕССЫ -- BIOLOGICAL PROCESSES АМИНОАЦИЛ-ТРНК-СИНТЕТАЗЫ -- AMINO ACYL-TRNA SYNTHETASES Доп.точки доступа: Tukalo, M. A. Экз-ры: |