Состав сообщества микроорганизмов нижних дыхательных путей при хронической обструктивной болезни легких [] / С. В. Федосенко [и др.] // Клиническая медицина : ежемесячный научно-практический журнал. - 2014. - Том 92, N 8. - С. 26-32 . - ISSN 0023-2149 Рубрики: ЛЕГКИХ БОЛЕЗНЬ ХРОНИЧЕСКАЯ ОБСТРУКТИВНАЯ ЛЕГКИХ БОЛЕЗНИ ОБСТРУКТИВНЫЕ АСТМА БРОНХИАЛЬНАЯ БРОНХОВ БОЛЕЗНИ HAEMOPHILUS НЕЙССЕРИИ ПСЕВДОМОНАДЫ СТРЕПТОКОККИ PREVOTELLA FUSOBACTERIA ГЕНОМ БАКТЕРИАЛЬНЫЙ СЕКВЕНИРОВАНИЕ РНК МЕТАГЕНОМ КОЛОНИЙ МИКРОБНЫХ ПОДСЧЕТ ГЕНЕТИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ БАКТЕРИОЛОГИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ Анотація: Обобщены результаты исследований по изучению состава сообщества микроорганизмов в дыхательных путях у здоровых людей, а также у пациентов с бронхиальной астмой и хронической обструктивной болезнью легких. Современные технологии молекулярно-генетической идентификации микроорганизмов позволяют выполнить глубокий анализ состава сообществ микроорганизмов у больных хроническими бронхообструктивными заболеваниями. Это представляет значительный интерес как для определения роли микробиома в развитии заболеваний бронхолегочной системы человека, так и для понимания влияния микробиотических сообществ на особенности течения болезни и формирование резистентности к проводимой терапии. Дод.точки доступу: Федосенко, С.В.; Огородова, Л.М.; Фрейдин, М.Б.; Салтыкова, И.В.; Куликов, Е.С.; Деев, И.А.; Кириллова, Н.А.; Селиванова, П.А.; Балашева, И.И. Экз-ры: |
Типирование штаммов Leptospira spp. на основе 16S pРНК [] = Typing of Leptospira spp. straing based on 16S rRNA / Ю. В. Останкова [и др.] // Журн. микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2016. - N 1. - С. 35-39. - Библиогр. в конце ст. Рубрики: ЛЕПТОСПИРОЗ СЕКВЕНИРОВАНИЕ РНК Дод.точки доступу: Останкова, Ю.В.; Семенов, А.В.; Стоянова, Н.А.; Токаревич, Н.К.; Любимова, Н.Е.; Петрова, О.А.; Ананьина, Ю.В.; Петров, Е.М. Экз-ры: |
Пасечников, С. П. Уринарная микробиота, или является ли моча стерильной? [] / С. П. Пасечников // Мед. аспекты здоровья женщины. - 2015. - N 9. - С. 29-32 MeSH-головна: МОЧА -- URINE (микробиология, химия) РНК РИБОСОМНАЯ 16S -- RNA, RIBOSOMAL, 16S (диагностическое применение, моча) СЕКВЕНИРОВАНИЕ РНК -- SEQUENCE ANALYSIS, RNA (использование) Экз-ры: |
Идентификация Stenotrophomonas maltophilia с использованием методов прямого секвенирования 16S рРНК и MALDI-ToF масс-спектрометрии [] / Ю. В. Останкова [и др.] // Клиническая лабораторная диагностика. - 2017. - N 3. - С. 165-170. - Библиогр. в конце ст. MeSH-головна: ИНФЕКЦИЯ ВНУТРИБОЛЬНИЧНАЯ -- CROSS INFECTION (диагноз) STENOTROPHOMONAS MALTOPHILIA -- STENOTROPHOMONAS MALTOPHILIA МАСС-СПЕКТРОМЕТРИЯ -- MASS SPECTROMETRY СЕКВЕНИРОВАНИЕ РНК -- SEQUENCE ANALYSIS, RNA (методы) Дод.точки доступу: Останкова, Ю. В.; Семенов, A. B.; Зуева, Е. В.; Вашукова, М. А. ; Тотолян, A. A. Экз-ры: |
Анализ дифференциальной экспрессии матриксных металлопротеиназ в стабильной и нестабильной атеросклеротических бляшках методом полногеномного секвенирования РНК: пилотное исследование / Д. Е. Иванощук [и др.] // Рос. кардиол. журнал. - 2018. - N 8. - С. 52-58 MeSH-головна: АТЕРОСКЛЕРОЗ -- ATHEROSCLEROSIS (генетика, диагностика) СЕКВЕНИРОВАНИЕ РНК -- SEQUENCE ANALYSIS, RNA (использование, методы) ПИЛОТНЫЕ ПРОЕКТЫ -- PILOT PROJECTS Дод.точки доступу: Иванощук, Д. Е.; Рагино, Ю. И.; Шахтшнейдер, Е. В.; Михайлова, С. В.; Фишман, В. С.; Полонская, Я. В.; Каштанова, Е. В.; Чернявский, А. М.; Мурашов, И. С.; Воевода, М. И. Экз-ры: |
Роль кишкового мікробіома у розвитку синтропної патології травної системи у дітей [] / Т. В. Стоєва [та ін.] // Современная педиатрия. - 2018. - N 3. - С. 43-47. - Бібліогр.: с. 47 MeSH-головна: ПИЩЕВАРИТЕЛЬНОЙ СИСТЕМЫ БОЛЕЗНИ -- DIGESTIVE SYSTEM DISEASES (диагностика, микробиология, этиология) КИШЕЧНИК -- INTESTINES (микробиология) ЭКСКРЕМЕНТЫ -- FECES (микробиология) МИКРОБИОТА -- MICROBIOTA (генетика, физиология) PREVOTELLA -- PREVOTELLA СЕКВЕНИРОВАНИЕ РНК -- SEQUENCE ANALYSIS, RNA (методы) РНК БАКТЕРИАЛЬНАЯ -- RNA, BACTERIAL ДЕТИ -- CHILD Дод.точки доступу: Стоєва, Т.В.; Джагіашвілі, О.В.; Рижикова, Т. І. ; Браткова, Л. Б.; Бондаренко, Т. О. Экз-ры: |
Abdulina, D. R. Microbial communities sulfate-reducing bacteria in soils near main-gas pipeline [Text] / D. R. Abdulina, L. M. Purish, G. O. Iutynska // Мікробіологічний журнал. - 2018. - Том 80, N 5. - P3-14 MeSH-головна: ПОЧВЫ МИКРОБИОЛОГИЯ -- SOIL MICROBIOLOGY DESULFOVIBRIO -- DESULFOVIBRIO (выделение и очистка, классификация, физиология, химия) DESULFOTOMACULUM -- DESULFOTOMACULUM (выделение и очистка, классификация, физиология, химия) ДНК ШТРИХ-КОДИРОВАНИЕ ТАКСОНОМИЧЕСКОЕ -- DNA BARCODING, TAXONOMIC (методы) СЕКВЕНИРОВАНИЕ РНК -- SEQUENCE ANALYSIS, RNA (методы) Анотація: Мета роботи. Дослідити сульфідогенні мікробні угруповання і сульфатвідновлювальні бактерії із ґрунтів, прилеглих до поверхні магістрального газопроводу. Методи: мікробіологічні, біохімічні, молекулярно-біологічні. Результати: У мікробних угрупованнях ґрунтів прилеглих до магістрального газопроводу «Союз» (Івано-Франківська обл. Україна) були виявлені залізовідновлювальні, дентірифікувальні, амоніфікувальні, тіонові та азотфіксувальні бактерії серед яких домінуючими були сульфатвідновлювальні бактерії. Виділено 4 чисті культури сульфатвідновалювальних бактерій та визначено їхні морфолого-культуральні та фізіолого-біохімічні характеристики. У жирнокислотному складі клітин сульфатвідновлювальних бактерій, виявлено 14 жирних кислот з довжиною ланцюга від С10 до С18. За даними часткового секвенування гену 16S рРНК ізолят К1 мав 90 %-у гомологію до послідовності Desulfovibrio desulfuricans ATCC 27774 (R074858.1), ізолят К2 — 92 %-у гомологію до Desulfovibrio sp. D4 (AF192155), а ізолят К1/3 — 95 %-у гомологію до Desulfotomaculum kuznetsovii DSM 6115 (CP002770.1). Заключення. За данними фенотипових, хемотаксономічних та молекулярно біологічних характеристик сульфатвідновальні бактерії із ґрунтів, прилеглих до поверхні магістрального газопроводу, віднесені до родів Desulfovibrio, Desulfotomaculum. Дод.точки доступу: Purish, L.M.; Iutynska, G.O. Экз-ры: |
Изменение орофарингеального микробиома при бронхиальной астме [] / О. Зольникова [и др.] // Врач. - 2020. - № 2. - С. 37-41. - Библиогр. в конце ст. MeSH-головна: ДЫХАТЕЛЬНЫХ ПУТЕЙ БОЛЕЗНИ -- RESPIRATORY TRACT DISEASES БРОНХОВ БОЛЕЗНИ -- BRONCHIAL DISEASES АСТМА БРОНХИАЛЬНАЯ -- ASTHMA МИКРОБИОТА -- MICROBIOTA ГЕНЕТИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ -- GENETIC TECHNIQUES СЕКВЕНИРОВАНИЕ РНК -- SEQUENCE ANALYSIS, RNA Дод.точки доступу: Зольникова, О.; Поцхверашвили, Н.; Кокина, Н.; Трухманов, А.; Ивашкин, В. Экз-ры: |
Экспрессия циркулирующих микроРНК в плазме у пациентов с акромегалией [] / А. С. Луценко [и др.] // Пробл. эндокринологии. - 2019. - Том 65, N 5. - С. 311-318 MeSH-головна: АКРОМЕГАЛИЯ -- ACROMEGALY (патофизиология) СЕКВЕНИРОВАНИЕ РНК -- SEQUENCE ANALYSIS, RNA (использование) БИОЛОГИЧЕСКИЕ МАРКЕРЫ -- BIOLOGICAL MARKERS (кровь) Анотація: Обоснование. МикроРНК - класс малых неколируюших молекул РНК, участвуюших в посттранскрипционной регуляции экспрессии генов. Они также обнаруживаются в крови в стабильных концентрациях, что делает их перспективными биомаркерами различных заболеваний. Цель. Определить циркулирующие микроРНК, различно экспрессируюшиеся у пациентов с акромегалией по сравнению со здоровым контролем. Методы: проведено одноцентровое, одномоментное, выборочное исследование случай-контроль: оценка экспрессии микроРНК в плазме крови у пациентов с акромегалией по сравнению со здоровым контролем. Забор крови проводился на-тошак, в течение 30 мин после забора крови образцы цельной крови однократно центрифугировались при температуре +5 °С на скорости вращения 3000 об/мин в течение 20 мин. Далее образцы плазмы замораживались и хранились при температуре -80 °С. Выделение РНК и подготовка адаптеров и библиотек для секвенирования выполнялись согласно протоколам производителей. Анализ экспрессии произведен на секвенаторе NextSeq. Биоинформатический анализ проводился с помощью программного обеспечения atropos (удаление адаптеров), STAR (выравнивание), FastQC (контроль качества), seqbuster/seqcluster/miRge2 (аннотация микроРНК, поиск isomiR, поиск новых микроРНК, анализ экспрессии). Первичная конечная точка исследования - показатели экспрессии микроРНК плазмы у пациентов с акромегалией в сравнении со здоровым контролем. Результаты. В исследование включены 12 пациентов с акромегалией - возраст 33,1 года [20; 47], ИМТ 29,3 кг/м2 [24,0; 39,6], ИРФ-1 686,10 нг/мл [405,90; 1186,00] и 12 здоровых добровольцев - возраст 36,2 года [26; 44], ИМТ 26,7 кг/м2 [19,5; 42,5], ИРФ-1 210,40 нг/мл [89,76; 281,90]; соотношение по полу в обеих группах - 4 мужчин, 8 женщин. Группы не различались по полу, возрасту и индексу массы тела (р0,05). У пациентов с акромегалией выявлено снижение экспрессии четырех микроРНК в плазме крови: miR-4446-Зр-1,31 7 (р=0,001), miR-215-5р-3.040 (р=0,005), miR-342-5p -1,875 (р=0,013) и miR-191 -5р -0,549 (р=0,039). Однако, после поправки на множественность сравнений ни одно из различий не достигло статистической достоверности (q 0,1). Заключение. В ходе исследования методом высокопроизводительного секвенирования определены четыре микроРНК, экспрессия которых может отличаться у пациентов с активной акромегалией по сравнению со здоровым контролем. Для подтверждения полученных результатов необходима валидизаиия другим методом оценки экспрессии на большей выборке. Дод.точки доступу: Луценко, А. С.; Белая, Ж. Е.; Пржиялковская, Е. Г.; Никитин, А. Г.; Кошкин, Ф. А.; Лапшина, А. М.; Хандаева, П. М.; Мельниченко, Г. А. Экз-ры: |
Анализ транскриптома скелетной мускулатуры выявил влияние физических тренировок на молекулярные механизмы регуляции роста и метаболизма мышечной ткани у пациентов с хронической сердечной недостаточнстью [] / О. А. Иванова [и др.] // Российский кардиологический журнал. - 2020. - N 10. - С. 79-86 MeSH-головна: СЕРДЕЧНАЯ НЕДОСТАТОЧНОСТЬ -- HEART FAILURE (патофизиология) ФИЗИЧЕСКАЯ НАГРУЗКА -- EXERCISE КОСТНО-МЫШЕЧНОЙ СИСТЕМЫ ФИЗИОЛОГИЧЕСКИЕ ПРОЦЕССЫ -- MUSCULOSKELETAL PHYSIOLOGICAL PROCESSES СЕКВЕНИРОВАНИЕ РНК -- SEQUENCE ANALYSIS, RNA (использование) ГЕННАЯ ЭКСПРЕССИЯ -- GENE EXPRESSION Анотація: Цель. Хроническая сердечная недостаточность (ХСН) сопровождается истощением скелетной мускулатуры и непереносимостью физических нагрузок. Целью настоящего проекта было исследование молекулярных механизмов, лежащих в основе терапевтического эффекта персонализированных физических тренировок у пациентов с ХСН. Материал и методы. Секвенирование РНК, полученной из биоптатов мышц скелетной мускулатуры до и после двенадцатинедельного курса тренировок, было использовано для выявления изменений экспрессии генов и сигнальных путей, индуцированных программой физической реабилитации пациентов с ХСН. Результаты. Мы показали, что персонализированные физические тренировки у пациентов с ХСН стимулируют активацию молекулярных путей, контролирующих дифференцировку и функционирование скелетной мусулатуры: коммитирование клеток-предшественников мышечной ткани; механизмы, регулирующие высвобождение кальция и чувствительность сократительного аппарата миофибрилл, электрическую возбудимость мышечной мембраны, генерацию протонного градиента синаптических везикул, поддержание электрохимических градиентов ионов Na+/K+. Также анализ дифференциально экспрессирующихся генов выявил повышение экспрессии транскрипционных факторов MyoD и MEF2, ответственных за дифференцировку стволовых клеток мышц, и саркомерных генов MYOM1, MYOM2, MYH7. Наряду с этим наблюдалась активация экспрессии гена секретируемого сигнального белка CYR61, кандидата на роль прогностического биомаркера для пациентов с ХСН. Заключение. Наши данные показывают, что благоприятный эффект персонализированных аэробных физических тренировок у больных с ХСН зависит, по крайней мере, частично, от улучшения физиологических и биохимических показателей скелетной мускулатуры. Дод.точки доступу: Иванова, О. А.; Игнатьева, Е. В.; Лелявина, Т. А.; Галенко, В. Л.; Комарова, М. Ю.; Борцова, М. А.; Ситникова, М. Ю.; Костарева, А. А.; Сергушичев, А. А.; Дмитриева, Р. И. Экз-ры: |